À l'INRA, l'agro-écologie est l'objet de deux chantiers interdisciplinaires. Le premier consiste à rechercher « la fertilisation croisée de l'écologie, de l'agronomie et de la zootechnie ». Le second est plus orienté vers les finalités, la multi-performance...
Au sein de la filière agricole, on revendique une antériorité sur ces questions d'agro-écologie.
Certains évoquent l’agronomie, l’agriculture paysanne, l'agriculture raisonnée, l’agriculture écologiquement performante, les CTE et les CAD, la certification environnementale, Ecophyto…, confondant parfois agro-écologie et respect de l’environnement dans les pratiques agricoles ; le slogan « Produisons autrement » est parfois rejeté.
Parmi les organismes économiques, on parle d'agriculture de précision, d'élevage de précision, d'agriculture écologiquement intensive, de nouvelle agriculture, de démarches de progrès...
Les organismes de développement, les instituts techniques et les groupements d'agriculteurs (CIVAM, GDA) évoquent aussi la multi-performance, l'agriculture durable, l'agriculture carbone, l'agriculture intégrée, l'agriculture de conservation, les systèmes de production économes et autonomes ou même « la gestion en bon père de famille » inscrite de longue date dans le code rural…
Un interlocuteur fait part de ses interrogations qui ne sont toujours pas résolues : « L’agro-écologie présente une difficulté conceptuelle : qu’est-ce que c’est, y compris sur le plan scientifique ? On a du mal à dire ce qu’on va en faire et en conséquence on butine, on illustre, on y met des choses qu’on fait déjà. On est face à un sujet évanescent, alors qu’on aime bien ce qui est carré.» Et cet interlocuteur de conclure : « la triple performance, ça nous va très bien ».
À l'aval de la filière, la grande distribution espère des standards, des normes ou une qualification qui lui permettraient de valoriser le concept auprès des consommateurs.
Si ce foisonnement de termes plus ou moins convergents dissimule des écarts d'interprétation, il a aujourd'hui permis d'installer le mot « agro-écologie » dans une certaine réalité et peut-être même dans la banalisation. Un interlocuteur résume ainsi la situation : « Vivre dans l'ambiguïté n'empêche pas d'avancer ! ».
Certains des référents agro-écologie de DRAAF citent néanmoins cette question de la définition de l’agro-écologie comme un frein à l’avancement du projet.
« Une définition de l'agroécologie qui demeure un peu floue pour les interlocuteurs (car très vaste) », « Une difficulté - inhérente au concept de l'agro-écologie - à pouvoir simplement et rapidement définir ce qui relève de l'agro-écologie ou pas ». De même, comme le souligne un éminent chroniqueur de la presse agricole : « Entre agro-écologie, projet agro-écologique, les différents plans qui y contribuent, la multiperformance et le slogan « Produisons autrement » qui passe mal auprès d'une bonne partie de la profession, il y a un flou préjudiciable à l'efficacité de la communication de la politique du ministre sur le sujet. ».